La recarga natural depende de la precipitación, de la evapotranspiración, del tipo de suelo y de la geología. En climas áridos puede ser muy pequeña, del orden de unos pocos milímetros al año.
Comparar la recarga con las extracciones permite saber si un acuífero se explota de forma sostenible. Cuando se extrae más de lo que se recarga, el nivel freático desciende de forma continuada. También existe la recarga artificial, que introduce agua en el acuífero de forma deliberada mediante balsas o pozos.
